国家开发投资公司共有投资企业251家。主要控股公司有国投华靖电力控股股份有限公司、国投中鲁果汁股份有限公司、深圳康泰生物制品有限公司、国投弘泰信托投资有限公司、中投咨询有限公司。通过投资部和全资子公司控股投资了二滩水电开发有限责任公司、国投云南大朝山水电有限公司、国投新集能源股份有限公司、国投洋浦港有限公司、国投新疆罗布泊钾盐有限责任公司、亚普汽车部件有限公司等投资企业。国家开发投资公司实行母子公司管理体制和总裁负责制，党组书记、总裁（法定代表人）王会生。公司总部设有总裁办公室、战略发展部、人力资源部、经营管理部、财务会计部、法律事务部、监察审计部、党群工作部等职能部门和中国投资协会国有投资公司委员会办公室。业务单位有金融投资部、化肥投资部及国投电力公司、国投煤炭公司、国投交通公司、国投高科技投资有限公司、国投资产管理公司、国投信托有限公司、中国投资担保公司和国投物业有限责任公司等全资子公司。主要控股企业有二滩水电开发有限责任公司、国投华靖电力控股股份有限公司（上市公司）、国投云南大朝山水电有限公司、国投新集能源股份有限公司、国投煤炭郑州能源有限公司、国投曹妃甸港口有限公司、国投镇江港有限公司、国投洋浦港有限公司、国投新疆罗布泊钾盐有限责任公司、国投中鲁果汁股份有限公司（上市公司）、深圳康泰生物制品有限公司、亚普汽车部件有限公司、中投咨询有限公司等。面向未来的国家开发投资公司，将始终把发展作为第一要务，以科学发展观统领全局，坚持以人为本，促进公司又好又快地发展，努力把公司建设成为有实力、有影响、有凝聚力的国际一流的投资控股公司。该企业在中国企业联合会、中国企业家协会联合发布的2007年度中国企业500强排名中名列第一百八十。