甲醇作为车用燃料添加剂（或直接用作燃料）的缺点：
（1）使用甲醇汽油，对发动机及汽车部件金属材料的防腐橡胶材料要求非常高，除要求提高发动机压缩比外，还应对甲醇汽车的发动机和化油器进行改造或更换材质，未经过专门改造的汽车或发动机不宜使用含甲醇的汽油；
（2）甲醇为神经毒物，具有显著的麻醉作用，调配和储存要用专用储罐；
（3）用煤炭制取甲醇的产出率为43％，这低于用煤炭制取合成燃油的产出率（55％），因此大规模用煤炭制取甲醇要求开采更多的煤炭，由此加剧环境污染；
（4）甲醇的价格与汽油的价格相当，并且对发动机有损坏，故这对司机的吸引力不大，需要政府的强有力支持。

甲醇汽油的缺点：
（1）调配甲醇汽油时，应使用符合国家标准的无铅汽油与华顿公司提供的变性燃料甲醇，并严格按比例和调配工艺进行调配，且调配和储存要用专用储罐。
（2）甲醇具有强腐蚀性，对发动机及汽车部件金属材料的防腐橡胶材料要求非常高，未经过专门改造的汽车或发动机不宜使用含甲醇的汽油。
（3）甲醇汽油对泡沫塑料件有溶胀现象，使用中对相关的材料需要更换为耐溶性材料。
（4）甲醇汽油储存、运输、销售和使用，应严格按照国家有关安全规定操作。同时，因甲醇为神经毒物，具有显著的麻醉作用，所以使用甲醇汽油时应注意：①严禁用嘴吸油；②禁止用甲醇汽油清洗零部件、衣物及长时间接触皮肤；③当溅入眼中或皮肤时，应及时用清水冲洗。